Celem działania Centrum jest prowadzenie działalności leczniczej polegającej na udzielaniu świadczeń zdrowotnych oraz promocji zdrowia, a także prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych.

Misja szpitala mówi o tym, że w Białostockim Centrum Onkologii nie istnieje nic ważniejszego od bezpieczeństwa Pacjenta.

Centrum realizuje swoje zadania współpracując z innymi podmiotami wykonującymi działalność leczniczą w zakresie zapewnienia prawidłowości diagnostyki, leczenia, rehabilitacji pacjentów, opieki paliatywnej i ciągłości  przebiegu procesu udzielania świadczeń zdrowotnych.

Szpital stawia na wysoką jakość świadczonych usług, kształcenie personelu i respektowanie praw pacjenta zawartych w obowiązujących przepisach.